新北京南站占地面積49.92萬平方米，建筑面積31萬平方米。這座龐大建筑地上兩層，地下三層，從上到下依次為:鋼結構屋面層、高架候車層、火車進站出站層、換乘大廳、地鐵4號線、地鐵14號線。根據北京市的相關交通規劃，地鐵4號線將以南北走向穿過北京南站，地鐵14號線和市郊鐵路將以東西走向穿過北京南站。北京南站還將成為城際列車和客運專線等快速列車在北京到發的客運站，成為北京最“快”的客運站。