佛頂宮位于南京市江寧區牛首山遺址公園。牛首山遺址公園項目規劃設計范圍東至寧丹路，西至大谷線，北到江寧行政邊界，南到牛首祖堂景區分界線，總面積約10.8平方公里，其中核心區規劃設計范圍總面積約0.6平方公里。在規劃上確定了“天闕藏地宮，雙塔出五禪”、“一花五葉”的總體布局。
牛首山遺址公園從2012年開工建設，目前該工程已完成。