港珠澳大橋澳門口岸旅檢大樓位于珠澳口岸人工島的澳門口岸管理區中央，北面緊接人工島上珠澳分界線，實現以珠海口岸旅檢大樓“背對背” 的無縫縫對接通關模式，本旅檢大樓占地40902平方米，由南面的旅檢大樓和北面的口岸互通行人通道組成，旅檢大樓地上三層，地下兩層，通道樓是兩層高架臨空連接旅檢大樓的建筑物，另一端與珠海口岸旅檢大樓連接，旅檢大樓平面體量371.7米長，110米寬。通道樓152米長，110米寬寬。旅檢大樓外墻設計采用了“虛”與“實”的對比設計，整體外墻主要是由閃銀色的氟碳噴涂鋁板作為主體飾面演繹“實”的觀感，配以經過“通花”衡壓處理的中葡建筑圖案的銀灰色氟碳噴涂鋁板，作為“虛”的對比。